Pokémon Bank en Pokémon Transfer zijn twee applicaties die in de eShop kunnen gekocht worden. Beide applicaties kunnen gebruiken worden voor Pokémon Black en White, Pokémon Black 2 en White 2 en Pokémon X en Pokémon Y. Met Pokémon Transfer kun je Pokémon uit BW2 naar de Pokémon Bank sturen om ze te importeren in Pokémon X en Y. Met Pokémon Bank zul je dan weer de mogelijkheid hebben om 3000 Pokémon op te slaan in een opslagsysteem op internet. Dit systeem zal voor een geruime tijd in de lucht blijven, dus daar komen ook extra kosten bij kijken. Als de speler een jaarlijks bedrag betaalt kan hij blijven gebruik maken van de apps. Bij de launch wordt wel een gratis proefperiode aangeboden.
